大肠的细菌也与放屁臭不臭有关。大肠正常菌群中的乳酸杆菌等益生菌分解食物残渣产生的气体一般不会太臭，而葡萄球菌、大肠杆菌等致病菌则容易产生臭气。因此，正常菌群失调者补充益生菌有利于减少臭屁，在医疗上可以给菌群失调者从肛门注入正常人的粪便以补充益生菌。 市场上有很多号称有益生菌的饮品，但益生菌要活的才有作用，必须冷藏保存，因为在常温下它们活不了很长时间。
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