日本的黑道家族表面上和黑手党家族的结构一样，由组长（kumicho，相当于黑手党的教父）来统管整个家族，在他之下还有若干舍弟、干部、若头，形成一个金字塔结构[资料来源：犯罪图书馆]。此外，各地区还有各地区的头目、副手、顾问以及众多的普通会众，这让日本黑帮的结构更加复杂。有的黑帮家族的结构有所不同，是由小帮派结成的联盟。