在第二个圣智大教堂被焚毁不久，当时的帝国皇帝查士丁尼（Justinian）一世下令重建圣智大教堂，并且采取完全不同的设计，更加巨大堂皇。这第三个圣智大教堂，也就是我们今天看到的索菲亚大教堂。