日内瓦得名于公元前凯尔特人在此建造的古城。日内瓦第一次在拉丁语中出现是在凯撒的著作，在《高卢战记》中他对高卢战争的看法。这个名字最初有可能与位于利古里亚地区的Genua城相同 (现热那亚)，意思是“膝盖”,也就是指日内瓦的特殊地理位置在一个角落里；然而日内瓦这个名字的由来更有可能建立在gen-“诞生”著个字根上。在被罗马征服后，日内瓦变成了罗马行政区（Provincia Romana）纳尔榜南西斯高卢（Gallia Narbonensis）的一部份。公元前58年，凯撒在日内瓦包围了西行的赫尔维蒂人。9世纪成为勃艮第首都。虽然日内瓦一直是勃艮第人、法兰克人和神圣罗马帝国争夺的对象，但在实际上日内瓦一直都是被其主教掌治著，直到宗教改革，日内瓦成为共和国。

由于加尔文等人带领的宗教改革，日内瓦常被喻为新教的罗马。16世纪日内瓦是加尔文新教派的中心；老城区的日内瓦圣彼得大教堂便是加尔文自己的教堂。英格兰玛丽一世时期大力迫害新教徒，因此大量新教学者逃向日内瓦其中包括后来监督翻译日内瓦圣经的威廉·如惠丁汉（William Whittingham）和他的合作者迈尔斯·卡佛岱尔（Miles Coverdale），克里斯多佛·古得曼（Christopher Goodman），安东尼·吉比（Anthony Gilby），托马斯·参森（Thomas Sampson）和威廉·科尔（William Cole）。

登城节游行在日内瓦历史上最重要的片断之一为登城事件。对于日内瓦的人民来说，登城事件是他们独立的象征。它标志着几位萨伏依公爵企图吞并日内瓦以作为他们阿尔卑斯山以北的首府的欲望彻底破灭。登城事件便是他们跨世纪一系列的进攻的句号。这最后一次进攻发生于1602年12月11至12日，因此这个日子被定为登城节。每年在日内瓦老成区都会举行马队，大炮和穿着当时服装的士兵的游行仪式以作庆祝。日内瓦，全称日内瓦共和州，于1815年成为瑞士的一个州。第一条日内瓦协议于1864年签订，以保护战时的伤患。

加尔文于1536年定居日内瓦并在此发表《基督教原理》。1712年，影响了法国以至欧洲的著名文学家，哲学家，教育家，社会学家和思想家的卢梭在这里诞生。

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